1997年，停滯不前的地鐵“復八線”建設終于迎來曙光。各路建設大軍全力加快建設速度。公司組成的隊伍出色地完成了設備安裝調試任務。地鐵車輛廠造出了引進關鍵技術設備、國內設計集成制造的VVVF車，引領了地鐵車輛制造國產化的方向。

　　1999年9月28日，北京地鐵“復八線”建成通車，地鐵運營里程達到54公里，年運量4.34億人次。

　　備戰服務奧運

　　2001年7月13日，北京申奧成功。13天后，2001年7月26日，北京市委市政府決定北京市地下鐵道總公司改制為“集團體制”。同時組建的北京地鐵運營有限責任公司成為專門從事軌道交通運營管理的專業公司。2002年，公司首次提出新的工作方針，明確要實現從單一的安全目標向安全、服務、效益、管理四大目標的轉移，加快企業改革步伐。2003年11月17日，北京地鐵管理體制再次調整，實行了投資、建設、運營“三分開體制”，全面備戰奧運。

　　新世紀初，公司全面參與新線的規劃、設計和建設，組織實施新線“冷熱滑”，改造舊車投入空載試運行，先后開通了13號線和八通線。

　　2003年初，韓國大邱地鐵發生火災，國務院地鐵安全督察組對北京地鐵做了安全檢查，并反饋了督察意見。2003年9月，市政府批準了公司上報的《北京地鐵安全隱患全面整改方案》，由此開始了1、2號線總投資85億元的大規模消隱改造。此次工程改造，涵蓋了地鐵車輛更新、設備消隱改造、AFC工程、車站綜合整修、防恐處突工程等12大項。工程量極大，難度極大，風險也極高。經過5年多的連續奮戰，消隱改造主體工程完工，創造了不間斷運營做全面系統改造的驚人奇跡。

　　2007年10月7日，公司開通試運營5號線，并頂住了單一票制、低票價政策和網絡化效應帶來的強大客流沖擊。

　　2008年奧運會前夕，公司連續打贏了3場硬仗。6月9日，告別了沿用38年的紙質車票，5條線同時開通AFC自動售檢票系統，并實現一次開通、一次成功。6月29日，全面啟動安檢系統，開創了世界地鐵實行安檢的先河。7月19日，實現10號線一期、奧運支線和機場線3條新線同時開通試運營。新線開通運行間隔達到3分半，倍受業內同行欽佩。

　　公司堅持管理創新。改革機關機構，實行競聘上崗。組成專業分公司，推行輪乘制和單司機制。實行站區管理，兩級調度指揮，車站綜合監控等。公司全面實施KPI績效管理，調整工資分配結構。實施人才發展戰略，競聘中高級管理人員，組織MBA進修培訓。評聘特需專業技術人才，推行“導師制”。實行全面預算管理，不斷提高票款收入。2007年初，公司通過了ISO9001質量管理體系認證。2008年，公司加入國際地鐵協會，2009年，在協會KPI對標中，公司綜合排名第二。2007年，公司著眼于未來大規模網絡化運營需要，組建運營一分公司，邁出了重組改制的第一步。