解決了人們爭論不休的公交的定位后，緊接著迎來了一個更為艱難的問題——體制性障礙。

　　作為北京市最大的公交企業——北京公交集團，擁有世界上最大的公交車隊，但其下屬的北京巴士股份有限公司卻是上市公司，作為上市公司怎么可能成為公益性事業？

　　2001年1月，北京巴士在上海證交所正式掛牌，這是北京市第一家上市的公用事業單位。上市募集的7.73億元絕大部分用于購買車輛。寬敞舒適的巴士開到有效線路涉及不到的地方，居民出行越來越便利。

　　2006年8月，北京市委、市政府決定，對上市公司北京巴士進行資產置換，使公交客運資產重新回歸公益性事業。正是這次回歸，徹底解決了公交改革與發展的體制性障礙。

　　“雖然遇到了這樣那樣的困難，但北京市交通委從2003年成立之初，就在積極倡導優先發展公共交通。優先發展公共交通是世界各大城市解決城市交通問題的必由之路，選擇了公共交通就是選擇了城市的未來。”劉小明這樣看待公共交通在一個城市中的地位。

　　為充分發揮不同層次公共交通的作用，2005年12月31日，全國第一條大容量快速公交線正式在北京建成運行，線路全長16公里，實際運行速度每小時26公里。這種專用路權，通行優先的新型交通運輸模式，具有物理隔離設施公交專用道，行車速度比普通公交車提高近一倍，增強了安全行車、準點運營的可靠性。由此，乘客對快速公交減少出行時間、減少候車時間的滿意度達到90％。

　　與此同時，北京市交通委還加快了作為公共交通骨干的軌道交通的建設步伐，地鐵5號線、10號線、機場軌道線開工建設，2008年將全部完工，屆時北京的軌道交通將達到創歷史的200公里。

　　2006年12月18日，經廣泛征求人大代表、政協委員和社會各界的意見，由北京市交通委、市發改委、規劃委、財政局、公安局聯合制定的《關于優先發展公共交通的意見》正式出臺。這一《意見》確定了北京發展公共交通在城市可持續發展中的重要戰略地位和公共交通的社會公益性定位，明確了在加快軌道建設的同時，對地面公交系統進行全面提升改造，對公共交通施行設施用地、投資安排、路權分配、財稅扶持的“四優先”政策。

　　按照這一《意見》，北京將采取七項措施，加大公交路權優先力度。一是新建道路同步設置公交專用道，二是現有道路增加施劃公交專用道，三是延長現有專用道使用時間，四是修建施劃公交港灣，五是實行公交優先信號，六是特勤管理兼顧公交優先，七是實施道路工程改造設置大容量快速公交專用道。2010年，北京市將實現450公里公交專用道網絡。